Finalizado la batalla en los arenales de San Juan y Miraflores el 13 y 15 de enero de 1881, con el resultado aproximado de 17,500 soldados muertos y miles de heridos abandonados; como consecuencia de la derrota la población de la ciudad de Lima se encontraba consternada por el resultado de las batallas y esperaba lo peor. La entrada del Ejército chileno a la ciudad de Lima fue retrasada hasta el día lunes 17 de enero. Victorioso el ejército chileno-ingles, se concentró en el Parque de la Exposición, desde este lugar se desplazaron marchando gallardamente por todo el Jirón de La Unión para ocupar la Plaza de Armas, donde se realizó la distribución de sus batallones a diferentes instalaciones de instituciones civiles como la Universidad Mayor de San Marcos, la Biblioteca Nacional, Colegio "Nuestra Señora de Guadalupe", el cuartel Santa Catalina, el cuartel Barbones, etc. A partir del 17 de enero, los mandos chilenos ocuparon el palacio de gobierno del Perú, el
primer jefe de la ocupación fue el General Manuel Baquedano Gonzales, luego
relevado por los generales Cornelio Saavedra Rodríguez y Pedro Lagos Marchant,
el 17 de mayo de 1881 el Contralmirante Patricio Lynch Solo, tomó el
cargo de jefe del gobierno de ocupación y lo mantuvo hasta el retiro de las
fuerzas chilenas en agosto de 1884.
Desde el día anterior a la ocupación chilena, o sea desde el 16 de enero, ya encontramos a los chilenos dando directivas de carácter administrativo para Chorrillos, donde establecieron depósitos de víveres y municiones en locales públicos. Al desembarcar en el Callao, el 18, distribuyeron las bodegas del ferrocarril, primero para depósitos y luego como cuartel para un regimiento. Las oficinas públicas funcionaron en la Comisaria de Marina y en la Diputación del Comercio y las autoridades peruanas fueron sustituidas por funcionarios chilenos, quienes de inmediato izaron sus banderas.
El
día 20 de enero se enarboló por primera vez la bandera chilena en el palacio de
gobierno en la ciudad de Lima, Perú. En la imagen se ve la bandera chilena flameando sobre el palacio, este es el momento más humillante de la historia para todos los peruanos, sin duda, este fue uno de los actos más dolorosos para el Perú de todas las sangres. Después del incendio y saqueo en Chorrillos y Barranco, las tropas chilenas se apoderaron de
todas las instalaciones gubernamentales del Estado peruano, entre ellas el
palacio de gobierno y todos los cuarteles, colegios, universidades y otros, de donde fue retirada la bandera peruana y reemplazada por
la chilena. Todas las mañanas se entonaba el himno nacional de Chile. La
población, por el desagrado y temor que siente ante la presencia chilena,
adopta una actitud de reserva, de encierro, lejos del contacto con ellos y se
menciona que "las celosías permanecieron cerradas y no se abrió una sola
ventana de las que daban a la calle: Este fue el sentimiento general de la
población. Muchos eran también los heridos que se cerraban en sus casas
temerosos de represalias. En aquellos días los pobladores de Lima estaban como si fuera un viernes santo.
Respecto
a los oficiales peruanos dispersos, después de la batalla, se dieron bandos en
el que se les instaba a registrarse, entregar sus armas y dar su dirección y
firmar una declaración en la que se establecía "No tomar las armas contra
Chile en la presente guerra" Este compromiso, sin embargo, tiene un valor
relativo, ya que los que lo firmaron lo hicieron obligados por las
circunstancias. No firmarlo podía equivaler a la muerte, al destierro, a la
cárcel o a algún otro castigo, de allí que muchos íntimamente mantenían la
convicción de acudir al llamado de la Patria.
Ya
era vox populi que el General Cáceres organizaba la resistencia desde la Sierra
Central. Para Chile, al principio, la toma de la ciudad de Lima significaba el fin de la
guerra y la rendición incondicional del Perú, pero se equivocaron por completo.
No contó con la respuesta del pueblo y de las autoridades dictatoriales primero
y del gobierno provisorio de García Calderón después. El Perú vencido, pero no rendido, rechaza
de plano la finalización de la guerra a cualquier precio y así la supuesta
"ocupación pasajera" se transforma en permanente y de mucho peligro para los invasores. El cuerpo
administrativo peruano no sigue en funciones porque eso sería apoyar al
enemigo, de allí la negativa a continuar desempeñando los cargos respectivos y
no por un abandono de deberes como plantea la historiografía chilena. Francisco
Encina, en su "Historia de Chile" menciona que "el trabajo y el
comercio no se normalizaron a pesar de los esfuerzos gastados por los
chilenos". Esta afirmación, toca ya a la población civil, que, ante la
imposibilidad de una resistencia de otro tipo, acude a la pasiva, al no hacer,
como rechazo al ocupante. A esto se agregan los cupos impuestos que en la
mayoría de casos llevaron a muchos comerciantes a la quiebra total en sus
negocios.
En
esa época, políticos como los actuales, no escucharon a los militares y marinos
que solicitaron al gobierno mejorar su armamento y la instrucción de sus
tropas, reparar y comprar buques de guerra, Miguel Grau solicitaba desde su escaño
mejorar las condiciones y aumentar el presupuesto, pero los traidores se
negaron como hoy a cambiar la situación.